Khi biết tin về tình hình giáo hội tại Sri Lanka đã không có linh mục trong nhiều năm, Vaz mong muốn được đi đến đó phục vụ. Năm 1686, được sự cho phép của hội dòng, ông đã qua Sri Lanka. Tại đây, ông cải trang thành một người lao động. Ông đi khắp các đường làng, qua các vườn chè để tìm kiếm người Công giáo, phục vụ nhu cầu của họ ở đây. Ông hướng dẫn họ tạo đức tin, hợp pháp hoá hôn nhân, rửa tội cho con cái họ, cử hành Thánh Lễ tại nhà và làng quê của họ[5].

Ông đã rửa tội cho nhiều người gia nhập Kitô giáo và xây dựng hơn 15 nhà thờ, 400 nhà nguyện. Bản dịch sách Phúc Âm của ông sang tiếng Tamil và tiếng Sinhala là một công trình quý giá. Joseph Vaz qua đời tại Kandy ngày 16 tháng 01 năm 1711[6]